Муниципальное образование «Байбекский сельсовет» Красноярского района Астраханской области расположено в правобережье р. Кигач. Место впадения реки Малый Кигач является граничной точкой трех смежных муниципальных образований: Байбекского, Степновского сельсоветов и села Малый Арал. С селом Малый Арал граница идет на восток по реке Кигач, далее на юго-восток с республикой Казахстан, на северо-запад по реке Алгара граница идет с Ватаженским сельсоветом, далее на северо-восток по реке Малый Кигач граница идет со Степновским сельсоветом и дальше идет смежество с землями села Малый Арал.